Virologie

Notre compréhension fondamentale de la biologie cellulaire s’est accélérée grâce à des décennies de recherche sur les divers mécanismes d’adaptation des virus à ADN pour survivre en exploitant leurs cellules hôtes. Les virus à ADN présentent une immense diversité, depuis les types de cellules qu’ils infectent jusqu’à la taille et la forme des virions.

Les virus à ARN double brin (ARNdb) représentent un vaste groupe de virus qui infectent un large éventail de vertébrés, d’invertébrés, de plantes, de bactéries et de champignons, démontrant ainsi leur excellente capacité d’adaptation à différents environnements écologiques.

Les virus à ARN à brin négatif constituent un groupe important et diversifié. Par définition, leurs génomes d’ARN doivent être transcrits en ARNm pour que l’expression des protéines virales puisse avoir lieu. L’étude de ces virus a connu deux avancées majeures au cours des dernières années.

L’épitranscriptomique virale est un domaine en pleine expansion qui étudie les changements des marques chimiques sur l’acide ribonucléique (ARN) au cours d’une infection virale. À ce jour, plus de 160 marques chimiques, ou modifications, ont été identifiées soit sur la nucléobase soit sur le ribose de l’ARN.

Les particules virales défectueuses sont une sous-population de particules virales incapables d’accomplir un cycle de réplication complet en l’absence d’un virus standard co-infectant. Elles sont générées lors de la réplication de virus de plantes, d’arthropodes et de mammifères et contiennent des génomes viraux défectueux (DVG) qui résultent d’altérations génomiques introduites lors de la réplication virale.

Le tractus intestinal humain abrite un groupe très diversifié de microorganismes commensaux qui jouent un rôle important dans l’homéostasie et la santé de l’intestin. Ce microbiote intestinal est essentiel au bon développement du système immunitaire de l’hôte, au métabolisme normal de l’intestin, à l’absorption des nutriments, à la protection contre les espèces bactériennes envahissantes et au maintien d’une physiologie intestinale normale.

La transmission des virus de plantes par vecteurs arthropodes s’opère via des interactions spécifiques entre plante, virus et vecteur. Les stratégies de transmission par vecteur sont déterminées par : la localisation du virus transmissible dans l’arthropode (transmission par virus circulant ou non circulant dans le vecteur), la durée de la relation virusvecteur (non persistante, semi-persistante ou persistante) et s’il y a réplication ou pas du virus dans l’insecte (tranmission propagative ou non propagative). La plupart des virus de plantes sont transmis horizontalement par les arthropodes, même si des réovirus, rhabodovirus et tenuivirus peuvent aussi être transmis verticalement chez le vecteur. Ce chapitre analyse des progrès récents et des questions de longue date de la biologie des vecteurs.

Comme tous les organismes vivants, l’homme est constamment exposé à une grande diversité de virus. Plus de 260 espèces virales connues peuvent infecter l’homme et la plupart d’entre elles infectent également d’autres mammifères. Certaines maladies virales sont connues depuis des siècles, tandis que d’autres n’ont émergé (ou n’ont été reconnues) que récemment. Les virus humains sont génétiquement très divers, et de nouveaux génotypes, souches et espèces peuvent évoluer rapidement (sur des périodes de plusieurs années ou décennies).