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La génomique environnementale est un domaine de recherche émergent qui regroupe l’ensemble des connaissances acquises sur les organismes et les écosystèmes présents et passés, par l’analyse de la séquence et de l’expression des gènes, génomes et métagénomes.
Fruit d’une réflexion collective, La génomique environnementale : la révolution du séquençage à haut débit propose de comprendre en quoi cette nouvelle discipline informe sur la taxinomie et la diversité des organismes actuels et fossiles, leur phylogénie et leur évolution. Analysant les potentialités et les capacités d’adaptation des organismes vivants, la génomique environnementale permet de déterminer leur biologie, leurs traits fonctionnels et leurs interactions avec l’environnement dans ses dimensions biotique et abiotique.
A l’aune des nouvelles méthodes de séquençage de l’ADN, cet ouvrage présente également les grands bouleversements technologiques, méthodologiques et conceptuels survenus dans les sciences de l’environnement et en identifie les enjeux, les potentiels et les limites.
1. Enjeux, défis, verrous scientifiques et perspectives
2. Les révolutions technologiques : potentiels et limites
3. Accès et partage des données NGS
4. Qualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
5. Taxinomie et biodiversité
6. Caractériser la biodiversité
7. Evolution et adaptation des gènes et des génomes
8. ADN dégradés et paléogénomique
9. Ecologie fonctionnelle et génomique des populations
10. Structure et fonctionnement des écosystèmes microbiens : métagénomique et intégration des omiques
11. Modélisation et prédiction du fonctionnement et de la dynamique des écosystèmes
12. Les omiques de demain
Denis Faure
Denis Faure est directeur de recherche au CNRS à l’Institut de biologie intégrative de la cellule (Gif-sur-Yvette, France). Titulaire d’un doctorat en écologie microbienne, il étudie les interactions entre microorganismes et entre microorganismes et plantes, en combinant des approches d’écologie génomique et de biologie intégrative.
Dominique Joly
Dominique Joly est directrice de recherche au CNRS au Laboratoire évolution, génomes, comportements, écologie (Gif-sur-Yvette, France). Titulaire d’un doctorat en entomologie, elle étudie les comportements sexuels et la génomique des populations d’insectes en réponse aux changements environnementaux.
