Écosystèmes et environnement

Les progrès récents des méthodes d’analyse en biologie, impliquant différentes disciplines, ouvrent un large panel d’études qui fait aujourd’hui de la biogéographie une approche intégrative de l’évolution du vivant. En tant que telle, la biogéographie va bien au-delà d’une simple description de la répartition des espèces vivantes sur Terre.

La biogéographie est une discipline où écologistes et évolutionnistes cherchent à comprendre la manière dont les espèces vivantes s’organisent en relation avec leur environnement. Face aux défis majeurs tels que le réchauffement climatique, l’extinction massive d’espèces ou les pandémies, la biogéographie fournit les éléments indispensables à l’élaboration des solutions.

La biogéographie présente un large aperçu des différents domaines de cette discipline. Les auteurs internationaux y développent différentes analyses sur la base de leurs connaissances et de leur expérience, illustrant les vastes domaines couverts par la biogéographie.

1. Les origines de la biogéographie : un point de vue personnel
2. Approches analytiques en biogéographie : progrès et défis
3. Phylogéographie
4. Biogéographie géophysique
5. Biogéographie des îles
6. Faune souterraine et biogéographie
7. Biogéographie bactérienne des sols à l’échelle de la France
8. Biogéographie fongique
9. Aperçu de la biogéographie des eaux douces
10. Biogéographie marine
11. Biogéographie des maladies
12. Biogéographie et changement climatique
13. Biogéographie de la conservation : notre place dans le monde

Au cours des 25 dernières années, l’idée que les changements de biodiversité peuvent influencer le fonctionnement des écosystèmes a évolué d’une notion controversée à un concept pleinement accepté par les communautés scientifique et politique. Alors que ce domaine scientifique atteint sa maturité, il est temps d’évaluer les avancées réalisées, d’explorer les liens entre ce nouveau domaine de recherche et les concepts écologiques fondamentaux, et d’envisager la mise en oeuvre de ces connaissances.

Cet ouvrage présente une vue d’ensemble actualisée des recherches dans ce domaine. Il se veut un véritable manuel pour tous ceux qui s’intéressent à la relation entre la biodiversité et le fonctionnement, la stabilité et les services des écosystèmes.

Les conséquences écologiques et sociétales de la perte de biodiversité s’adresse à un large public, depuis des étudiants de deuxième et troisième cycle jusqu’aux universitaires et chercheurs confirmés.

Partie 1. Biodiversité et écosystèmes : une vue d’ensemble
Partie 2. L’influence de la biodiversité sur le fonctionnement des écosystèmes
Partie 3. L’influence de la biodiversité sur la stabilité des écosystèmes
Partie 4. L’influence de la biodiversité sur les sociétés humaines
Partie 5. Zoom arrière : la biodiversité au sein d’une planète en mutation

Les paysages qui nous entourent sont un héritage du passé. L’écologie historique nous invite à remonter le temps pour mieux les interpréter, pour comprendre la biodiversité et le fonctionnement actuels des écosystèmes qui les constituent et, finalement, anticiper leurs trajectoires à venir.

Écologie historique propose une synthèse complète et actualisée de ce champ interdisciplinaire qu’est l’écologie historique. Après avoir analysé l’importance du temps et de ses échelles en écologie ainsi que la délicate tâche d’inférer des trajectoires dynamiques passées à partir d’observations actuelles, cet ouvrage présente une approche critique des principales méthodes utilisées, comme le suivi de placettes permanentes, l’analyse des cartes anciennes, la photographie répétée, la télédétection, l’analyse des sols, l’étude des charbons de bois et d’autres indicateurs botaniques.

Une série d’études empiriques effectuées dans différents biomes vient illustrer le rôle de l’écologie historique dans la compréhension des socio-écosystèmes actuels, nous faisant voyager à travers les forêts continentales et insulaires, les vergers, les toundras et les dunes littorales.

1. Introduction générale à l’écologie historique
2. Révéler les changements écologiques de long terme par le rééchantillonnage
3. Obtenir la bonne réponse grâce à des études de suivi à long terme
4. Lacunes et failles dans la cartographie de l’occupation du sol pour l’écologie historique
5. L’utilisation de la photographie répétée en écologie historique africaine
6. La télédétection pour l’écologie historique
7. Archives du sol : de l’histoire du paysage pédologique aux écosystèmes actuels
8. Temps linéaire et temps emboîté en écologie historique : application aux études de sol
9. L’analyse des anciennes charbonnières pour l’étude des trajectoires forestières
10. Arbres et autres indicateurs botaniques de changement et de continuité des paysages
11. Vers un cadre méthodologique afin d’examiner l’histoire cachée des couvertures boisées
12. L’histoire comme porte d’entrée de la forêt
13. Les écosystèmes et l’héritage des interactions de long terme avec les grands herbivores
14. Une écologie historique de la forêt de Compiègne (nord de la France)
15. Un socio-écosystème menacé : les vergers de châtaigniers dans les Apennins bolognais
16. Construction de niche et stratégies des premiers colons dans le centre de la Scandinavie
17. L’histoire récente des changements végétaux dans l’Arctique
18. Reconstituer l’impact des humains sur la biodiversité d’Aotearoa – Nouvelle-Zélande
19. Écologie historique des systèmes sédimentaires éoliens côtiers des îles Canaries
20. Les microclimats forestiers du passé
21. Causes et effets des dettes d’extinction : perspectives pour l’écologie historique
22. L’écologie historique pour le passé et le futur : du local au régional

La notion de socio-écosystème répond à la nécessité de comprendre, dans l’Anthropocène, comment interagissent les processus adaptatifs dont résulte la coévolution des êtres vivants. Étudier les socio-écosystèmes, c’est tenir compte de la diversité des échelles d’espace et de temps afin de pénétrer l’enchevêtrement des forces écologiques, sociales et économiques dont émerge un ensemble de dynamiques complexes qui conditionnent l’habitabilité de la terre.

Cet ouvrage analyse, par des cas concrets dans des socio-écosystèmes régionaux et sur plusieurs continents, comment la recherche-action a permis de trouver des réponses à des questions touchant à la fois à l’agriculture, la santé et la protection de la biodiversité. Il montre que ces entreprises n’auraient pu aboutir sans la mobilisation conjointe de pratiques liant la communauté des vivants et des objets, la communauté des savoirs et les communautés d’action. Ces exemples s’accompagnent également d’une réflexion sur les conditions qui permettent de mener ces recherches à leur terme.

La presse en parle
En Direct – Le journal de la recherche et du transfert de l’Arc Jurassien
Numéro 302 – Septembre-Octobre 2022
Une démarche scientifique fédérative pour mieux étudier les socio-écosystèmes

Radio France
https://www.radiofrance.fr/franceculture/podcasts/la-science-cqfd/one-health-l-union-fait-la-force-5823779

1. Mutations agricoles et pullulations de campagnols prairiaux
2. La pollution d’une rivière : enquête sociologique sur les savoirs et les expertises
3. Environnement de la ferme, lait cru et immunité : une étude « sur le terrain » de l’apprentissage de la tolérance
4. Écologie de la transmission de l’échinocoque multiloculaire
5. Les visions « indigènes » de la maladie et des risques liés à l’échinococcose alvéolaire
6. Conservation du rhinopithèque de Biet
7. Le choléra en Afrique, du fatalisme à l’espoir d’une élimination : histoire de la révolte contre un statu quo

Dans un contexte d’urgence pour trouver des alternatives aux pesticides  chimiques et faire face aux pressions parasitaires induites par le  changement climatique, la recherche de nouvelles solutions de  protection agro-écologique des cultures telles que le biocontrôle est  essentielle. Biocontrôle des maladies des plantes présente les avancées  récentes réalisées en matière de gestion des maladies des plantes et de  biocontrôle.

Cet ouvrage étudie la capacité des produits de biocontrôle à limiter les  maladies des plantes en utilisant, directement, des peptides  antimicrobiens, des mécanismes de quorum quenching, des composés  végétaux ou des déchets agro-industriels comme biopesticides, ou,  indirectement, via la stimulation des défenses des plantes. Il décrit  également de nouvelles approches basées sur l’utilisation de  bactériophages ou considérant le pilotage de la composition du  microbiote des plantes comme une cible potentielle de stratégies de  biocontrôle. La question importante des aspects réglementaires  accompagnant la mise sur le marché des produits de biocontrôle est  également détaillée, ainsi que les méthodes pour évaluer l’impact de  ces nouveaux produits sur l’environnement.

1. Aspects réglementaires du biocontrôle
2. Le contrôle biologique en horticulture
3. Outils omiques pour évaluer l’impact environnemental des agents de biocontrôle
4. Mode d’action des métabolites végétaux dans la lutte contre les nématodes à galles
5. Déchets et sous-produits agro-industriels comme sources de biopesticides
6. Peptides antimicrobiens et éliciteurs de défense pour lutter contre les maladies végétales
7. Biocontrôle des phytopathogènes via la stratégie de quorum quenching
8. Biocontrôle médié par les phages contre les bactéries phytopathogènes
9. Agriculture assistée par le microbiome : connaissances actuelles et futures orientations

La génétique et sa petite soeur mystérieuse, l’épigénétique, plongent leurs racines profondes dans l’histoire de la biologie. Aujourd’hui, l’épigénétique revêt une importance capitale, tant dans les sciences que dans les techniques du vivant depuis la biologie moléculaire, le diagnostic et le traitement des maladies, en passant par l’agriculture.

Épigénétique en écologie et évolution retrace l’histoire du concept d’épigénétique en biologie et décrit les mécanismes moléculaires impliqués. Il examine les contributions de la discipline épigénétique émergente en écologie et évolution, tant chez les organismes animaux que végétaux, ainsi que sa représentation dans notre société.

En explorant l’importance de l’épigénétique depuis la cellule jusqu’à l’organisme entier, et même jusqu’aux écosystèmes, cet ouvrage offre des réponses accessibles à un public large, depuis le citoyen curieux des sciences jusqu’aux étudiants et praticiens de la biologie. L’objectif est de permettre à chacun de développer ou renforcer une perspective critique et éclairée sur les relations complexes entre la génétique et l’épigénétique.

1. Petite histoire conceptuelle de l’épigénétique, et plus si affinités
2. Les acteurs moléculaires de l’information épigénétique
3. Épigénétique et éléments transposables
4. L’épigénétique : la même pour toutes les espèces ?
5. Les manipulations de l’épigénome
6. Épigénétique et stress
7. Plasticité phénotypique, épigénétique et adaptabilité
8. Épigénétique et changements climatiques : l’exemple des écosystèmes forestiers
9. Épigénétique et amélioration des plantes cultivées
10. Épigénétique et amélioration des animaux d’élevage
11. L’épigénétique dans l’évolution
12. Épigénétique et société : l’épigénétique dans la presse francophone